Organul suprem de conducere al Fundației Est-Europene este Consiliul de Directori. Consiliul este constitut din cel puțin trei membri, care sunt aleși pe un termen de trei ani, cu posibilitatea de prelungire a mandatului încă pe un termen. Din Consiliul actual fac parte următoarele persoane:

Regina Yan

Membră a Consiliului de Directori

Carolina Bugaian

Membră a Consiliului de Directori

Robert O'Donovan

Membru al Consiliului de Directori

Ana Galus

Membră a Consiliului de Directori